ב- 1 באפריל 1941 פרץ בעיראק מרד נגד השלטון המלכותי, שבמהלכו נתפס השלטון על-ידי קבוצת קציני צבא פרו-נאצים, בראשותו של רשיד עלי אל-גיאלאני.

בין השנים 1932 ו- 1941 עמד בראשות שגרירות גרמניה בבגדאד המזרחן ד”ר פריץ גרובה שתמך בפעילות פאשיסטית ואנטישמית ובהשפעה על אישי ממשל שונים בעיראק, שחלקם הוזמנו לבקר בגרמניה כאורחי המפלגה הנאצית. השגרירות הגרמנית בעיראק רכשה גם את העיתון “אל-עאלם אל-ערבי”, ובו פורסם, בהמשכים, הספר “מיין קמפף” בתרגום לערבית. הימים היו ימים הרי גורל. כוחות הציר גרמניה, איטליה ויפן כבר קצרו ניצחונות מרשימים עם תחילת מלחמת העולם השנייה. באותה עת, כיבוש עיראק היה אמור להיות גולת הכותרת של הצבא הנאצי, שחמד את אוצרות הנפט שלה, במסעו לכיבוש צפון אפריקה, מצריים, פלסטין וירדן. אבל חיל הכיבוש הבריטי הקדים את הגרמנים והתפתחה מלחמה זוטא, בין כוחות ההפיכה העיראקיים הפרו-נאציים, לבין הבריטים,שבסופה נחלה הממשלה העיראקית מפלה, ורשיד עלי אל-גאילאני ופמלייתו, בהם המופתי, נמלטו ב- 29.5.1941 לאיראן ומשם לגרמניה.

בחג השבועות ב- 1 ו-2 ביוני 1941, המון ערבי מוסת התנפל בצורה חייתית לעבר הרבעים היהודיים בבגדאד. גדודים, גדודים התארגנו ובריצת אמוק החלו לזרום לכיוון הבתים חמושים באלות, בנשק חם, בסכינים, בגרזנים ובכלי משחית אחרים וקראו “אטבח אל-יהוד” (לשחוט את היהודים). במעשי הביזה וההרג השתתפו גם שוטרים, חיילים ופלוגות נוער. הם עברו מבית לבית , דרך הדלתות או הגגות, הרגו את הנשים והנערות לא לפני שאנסו אותן, טבחו בגברים ושחטו בילדים. הם גם רוקנו את הבתים, תחת הסיסמא: “מאל אל-יהוד חלא” ) רכוש יהודי מותר לגנוב). הם רצחו כל יהודי שנקלע בדרכם, תלשו אותם ממוניות שירות (עאנה) וקרעו אותם לגזרים. זה היה אירוע אימתני, בלתי נשכח עבור קהילת בגדאד, במיוחד עבור הילדים. זעקות האימה של הטבח הנורא בקעו מתוך הבתים והדהדו מבין הסמטאות. רוב גגות הבתים ברובע היהודי בבגדאד היו שטוחים וחומות נמוכות הפרידו ביניהם, כך שניתן היה לנתר בקלות מבית לבית דרך הגגות ומשפחות רבות ניצלו את המעברים הללו, כדי לחמוק מקצב התקדמותם של הפורעים.

הבשורה לדיכוי המהומות הגיעה מעל גלי האתר, ביום השלישי של הטבח, כשהקריין הודיע על הקמת ממשלה חדשה בראשותו של ג’מיל אל מדפעי ויחידות צבא הנאמנות לבית המלוכה נצטוו להשליט סדר ולירות בפורעים. הוכרז על עוצר והיהודים המשיכו להסתגר בבתיהם גם לאחר שהוא הוסר, כי פחדו לצאת החוצה. על מספר הקורבנות והיקף הנזק בפרעות אלו, פורסמו אומדנים שונים. לפי אחד מהם, נרצחו 180 יהודים, 2228 נפצעו, 242 ילדים הפכו ליתומים, 900 בתים וכמה מאות חנויות נבזזו. היו גם השערות לגבי הקורבנות שגורלם לא נודע ורק כעבור חודשיים נפתרה התעלומה, כשנתגלה קבר אחים גדול בפאתי הגדה המערבית של החידקל. במהלך השנים, יהודים עיראקים שנפגעו מהפרהוד (בנפש או ברכוש) והגישו בקשות לשלטונות גרמניה לקבלת פיצויים, נדחו בטענה מגוחכת, שהפרעות נגרמו על-ידי משטר פרו- נאצי ולא על-ידי משטר נאצי. נשאלת השאלה, מה ההבדל? הלא כתוצאה מהסתה נאצית בניצוחו של שגריר גרמניה בעיראק וחבר מרעיו, התחולל הפרהוד ופרעו ביהודים!